hatchet package

Subpackages

• hatchet.bin package
  • Submodules
  • hatchet.bin.HATCHet module
    • ProgressBar
      • ProgressBar.progress()
    • argmax()
    • argmin()
    • backward()
    • central()
    • computeSizes()
    • debug()
    • estimate_forward()
    • execute()
    • execute_python()
    • filtering()
    • findClonalClusters()
    • findNeutralCluster()
    • forward()
    • info()
    • isfloat()
    • logArgs()
    • main()
    • makeBaseCMD()
    • parseClonalClusters()
    • parse_clonal_diploid()
    • parse_clonal_tetraploid()
    • parsing_arguments()
    • readBBC()
    • readSEG()
    • runningDiploid()
    • runningTetraploid()
    • safediv()
    • select()
    • selectDiploid()
    • selectTetraploid()
    • t2s()
    • warning()
  • hatchet.bin.HATCHet-preprocess module
  • Module contents
• hatchet.data package
  • Module contents
• hatchet.utils package
  • Subpackages
    • hatchet.utils.solve package
      • Submodules
      • hatchet.utils.solve.cd module
      • hatchet.utils.solve.ilp_subset module
      • hatchet.utils.solve.utils module
      • Module contents
  • Submodules
  • hatchet.utils.ArgParsing module
    • extractChromosomes()
    • getSQNames()
    • parseRegions()
    • parse_cluster_bins_args()
    • parse_cluster_bins_gmm_args()
    • parse_combine_counts_args()
    • parse_combine_counts_fw_args()
    • parse_count_alleles_arguments()
    • parse_count_reads_args()
    • parse_count_reads_fw_arguments()
    • parse_download_panel_arguments()
    • parse_genotype_snps_arguments()
    • parse_phase_snps_arguments()
    • parse_plot_bins_1d2d_args()
    • parse_plot_bins_args()
    • parse_plot_cn_1d2d_args()
  • hatchet.utils.BAMBinning module
    • Binner
      • Binner.binChr()
      • Binner.run()
    • bin()
  • hatchet.utils.CoordinateFinding module
    • binChr()
    • extractChr()
    • findEnd()
    • findStart()
  • hatchet.utils.ProgressBar module
    • ProgressBar
      • ProgressBar.progress()
      • ProgressBar.progressLock()
      • ProgressBar.progressNoLock()
  • hatchet.utils.Supporting module
    • argmax()
    • argmin()
    • bcolors
      • bcolors.BBLUE
      • bcolors.BOLD
      • bcolors.ENDC
      • bcolors.FAIL
      • bcolors.HEADER
      • bcolors.OKBLUE
      • bcolors.OKGREEN
      • bcolors.UNDERLINE
      • bcolors.WARNING
    • checksum()
    • close()
    • digits()
    • download()
    • ensure()
    • error()
    • log()
    • logArgs()
    • naturalOrder()
    • numericOrder()
    • run()
    • to_tuple()
    • url_exists()
    • which()
  • hatchet.utils.TotalCounting module
    • TotalCounter
      • TotalCounter.binChr()
      • TotalCounter.run()
    • tcount()
  • hatchet.utils.check module
    • main()
    • suppress_stdout()
  • hatchet.utils.check_solver module
    • main()
  • hatchet.utils.cluster_bins module
    • DiagGHMM
      • DiagGHMM.form_transition_matrix()
      • DiagGHMM.set_fit_request()
      • DiagGHMM.set_predict_proba_request()
      • DiagGHMM.set_predict_request()
      • DiagGHMM.set_score_request()
    • form_seg()
    • hmm_model_select()
    • main()
    • make_transmat()
    • read_bb()
    • reindex()
  • hatchet.utils.cluster_bins_gmm module
    • cluster()
    • generateClouds()
    • getPoints()
    • main()
    • minSegmentBins()
    • readBB()
    • refineClustering()
    • reindex()
    • roundAlphasBetas()
    • scaleBAF()
    • segmentBins()
    • splitBAF()
  • hatchet.utils.combine_counts module
    • EM()
    • adaptive_bins_arm()
    • apply_EM()
    • backtrack()
    • binom_prop_test()
    • block_segment()
    • collapse_blocks()
    • compute_baf_task_multi()
    • compute_baf_task_single()
    • compute_baf_wrapper()
    • consecutive()
    • correct_haplotypes()
    • get_chr_end()
    • main()
    • merge_data()
    • merge_phasing()
    • multisample_em()
    • phase_blocks_sequential()
    • read_snps()
    • run_chromosome()
    • run_chromosome_wrapper()
    • segmented_piecewise()
  • hatchet.utils.combine_counts_fw module
    • blocking()
    • combine()
    • computeBAFs()
    • main()
    • readBAFs()
    • readBINs()
    • readPhase()
    • readTotalCounts()
    • splitBAF()
  • hatchet.utils.commands module
  • hatchet.utils.config module
    • Config
      • Config.init_from_files()
      • Config.read()
      • Config.sections()
    • ConfigSection
      • ConfigSection.items()
  • hatchet.utils.count_alleles module
    • AlleleCounter
      • AlleleCounter.countAlleles()
      • AlleleCounter.work()
    • checkShift()
    • counting()
    • isHet()
    • main()
    • selectHetSNPs()
  • hatchet.utils.count_reads module
    • check_array_files()
    • check_counts_files()
    • count_chromosome()
    • count_chromosome_wrapper()
    • expected_arrays()
    • expected_counts_files()
    • form_counts_array()
    • get_chr_end()
    • main()
    • mosdepth_wrapper()
    • read_snps()
    • run_chromosome()
    • run_chromosome_wrapper()
    • run_mosdepth()
  • hatchet.utils.count_reads_fw module
    • knownRegions()
    • logArgs()
    • main()
  • hatchet.utils.download_panel module
    • dwnld_chains()
    • dwnld_refpanel_genome()
    • main()
    • mk_rename_file()
  • hatchet.utils.genotype_snps module
    • Caller
      • Caller.callSNPs()
      • Caller.run()
    • call()
    • main()
  • hatchet.utils.multiprocessing module
    • TaskHandler
      • TaskHandler.run()
    • Worker
      • Worker.run()
      • Worker.work()
  • hatchet.utils.phase_snps module
    • Phaser
      • Phaser.biallelic()
      • Phaser.change_chr()
      • Phaser.index()
      • Phaser.liftover()
      • Phaser.run_shapeit()
      • Phaser.stage_vcfs()
      • Phaser.work()
    • cleanup()
    • concat()
    • main()
    • print_log()
  • hatchet.utils.plot_bins module
    • addchr()
    • argmax()
    • argmin()
    • baf()
    • bb()
    • clubaf()
    • clurdr()
    • clus()
    • cluster_bins()
    • coordinates()
    • debug()
    • error()
    • info()
    • isfloat()
    • join()
    • log()
    • main()
    • rdr()
    • readBBC()
    • readSEG()
    • select()
    • sortchr()
    • warning()
  • hatchet.utils.plot_bins_1d2d module
    • main()
    • plot_1d()
    • plot_2d()
    • plot_track()
  • hatchet.utils.plot_cn module
    • addchr()
    • addchrplt()
    • allelicprofiles()
    • allelicproportions()
    • argmax()
    • argmin()
    • cndistance()
    • cnproportions()
    • debug()
    • error()
    • gridmixtures()
    • gridprofiles()
    • gridprofilesreduced()
    • info()
    • intergridfullprofiles()
    • intergridreducedprofiles()
    • intergridsamplesclusters()
    • intergridsubclonality()
    • interjoin()
    • interreduction()
    • isfloat()
    • join()
    • log()
    • main()
    • multiple()
    • parsing_arguments()
    • pp()
    • profiles()
    • readUCN()
    • reduction()
    • segmenting()
    • similarity()
    • similaritysample()
    • single()
    • sortchr()
    • subclonal()
    • warning()
  • hatchet.utils.plot_cn_1d2d module
    • cn2evs()
    • cn2total()
    • cn2totals()
    • compute_gamma()
    • generate_1D2D_plots()
    • limits_valid()
    • main()
    • plot_clusters()
    • plot_genome()
    • recompose_state()
    • reindex()
    • str2cn()
    • str2state()
  • hatchet.utils.rd_gccorrect module
    • rd_gccorrect()
  • hatchet.utils.run module
    • main()
  • Module contents

Module contents